Der Museumsverband Thüringen e. V. vertritt die Interessen seiner institutionellen und persönlichen Mitglieder. Laut Satzung berät und unterstützt er seine Mitglieder, um die Aufgaben eines Museums entsprechend den anerkannten Qualitätsstandards und Empfehlungen (u. a. des Internationalen Museumsrates ICOM und des Deutschen Museumsbundes DMB) erfüllen zu können. Er repräsentiert seine Mitglieder gegenüber dem für Kultur zuständigen Landesministerium und kooperiert mit den Museumsträgern. Der Museumsverband unterhält in Erfurt eine Geschäftsstelle mit hauptamtlichen Mitarbeitern.

Der ehrenamtliche Vorstand des Museumsverbandes besteht aus elf Mitgliedern mit einem Präsidenten oder einer Präsidentin an der Spitze. Er wird auf einem Verbandstag für vier Jahre gewählt. Verbandstage finden jährlich statt. Sie beraten und beschließen u. a. über eingereichte Mitgliedsanträge und über Grundlinien der Verbandsarbeit. Dazu gehören ein Museumsentwicklungskonzept Thüringen 2011-2020 sowie Konzeptionelle Leitlinien der Arbeit Thüringer Museen 2011-2020.

Der Museumsverband vergibt Auszeichnungen. Vorstand und Verbandstag können Personen für ihre außerordentlichen Verdienste um das Museumswesen in Thüringen zu Ehrenmitgliedern bzw. zum Ehrenpräsidenten ernennen. Der Museumsverband vergibt jährlich Museumssiegel an Museen, die die Qualitätsstandards von ICOM und DMB vorbildlich erfüllen. Er verleiht die Bernhard-von-Lindenau-Medaille an Personen, die sich um die Museumslandschaft in Thüringen besonders verdient gemacht haben.